1897年10月（明治30年）	三菱長崎造船所従業員の健康増進施設として、ベッド数50床の洋風2階建ての工場附属病院として誕生する。
1918年10月（大正7年）	赤レンガ造り3階建、エレベーター・レントゲン室・ラジュウム浴室を備えた、ベッド数100床の西日本随一の最新式病院となる。
1945年8月（昭和20年）	原子爆弾により長崎市内は全滅したが、幸いにも当院は被害が少なく多くの被災者の治療に当たる。
1958年4月（昭和33年）	総合病院として認可を受ける。
1959年3月（昭和34年）	結核病棟86床が完成する。
1964年6月（昭和39年）	三菱重工業株式会社長崎造船所病院と改称、ベッド数240床（一般124床結核86床）の病院となる。
1975年12月（昭和50年）	鉄筋コンクリート5階建・162床の新館が落成、一般病床223床となる。
1977年4月（昭和52年）	一般保険医療機関としての認可を受ける。
1998年4月（平成10年）	療養病棟を設置し220床となる。
2002年12月（平成14年）	日本医療機能評価機構の認定を受ける。一般病院種別B
2004年10月（平成16年）	ベッド数を減床し、199床の病院となる。
2007年12月（平成19年）	日本医療機能評価機構の認定更新を受ける。審査体制区分2（Ver.5.0）
2008年6月（平成20年）	療養病棟を廃止し、南病棟は一般病棟（亜急性期病床43床）となる。
2012年7月（平成24年）	敷地内禁煙化
2012年12月（平成24年）	日本医療機能評価機構の認定更新を受ける。審査体制区分2（Ver.6.0）
2014年7月（平成26年）	ベッド数を減床し、184床の病院となる。
2016年4月（平成28年）	医療法人 重工記念長崎病院として三菱重工(株)より独立する。
2020年5月（令和2年）	長崎市丸尾町に移転。165床の病院となる。